曾名“癞马沟”、“乾元镇”。
清代中叶后，为依克明安旗游牧之地。
清光绪三十二年（1906）划归拜泉县管辖。
清宣统二年（1910），曹振东在此一片荒原大沟“开荒占草”，自养的几匹马都有癞，故得名“癞马沟”。
中华民国时期，隶属拜泉县乾丰镇区管辖。
东北沦陷后，定名乾元镇，初隶第十二保，1938年5月改为协和村。
1945年“九三”抗日战争胜利后，为拜泉县乾元区，后改为第十区。
1956年3月，撤区划乡，设置乾元乡。
1958年9月，合并小乡建立公社，成立兴农人民公社。
1984年3月，政社分开，改为兴农镇，名称沿用至今。