原名“小城子”，因有渤海国时期古城墙遗址而得名。
清代晚期，始有垦民来此定居。
清光绪八年（1882），开辟宁古塔至三岔口驿路时，已经形成村落，隶属宁古塔副都统管辖。
清光绪二十九年（1903）设置绥芬厅后，属讲礼社辖区。
清宣统元年（1909），改隶东宁厅管辖。
1917年隶属东宁县第三区。
1934年隶属第三区北河沿保。
1939年6月，伪东宁县公署从三岔口移驻小城子，遂改称东宁街。
1945年，为东宁县城区。
1948年10月，绥阳县并人东宁县，县政府移至绥芬河，东宁街划为第三区。
1952年县政府迁回东宁街，改为第一区。
1956年5月，设置东宁镇和北河沿乡。
1958年9月，东宁镇与北河沿乡合并，成立东宁人民公社。
1984年，东宁人民公社改设东宁镇。
2001年1月，南天门乡并入东宁镇。
名称沿用至今。