雅尔塞屯形成于清初。
境内的哈雅、奈门沁、音钦及哈拉屯均形成于清顺治六年（1649）。
黑龙江设治后，隶属齐齐哈尔副都统管辖。
清末，先后隶属黑水厅、龙江府管辖。
中华民国时期，隶属龙江县管辖。
东北沦陷后期，隶属达胡店村。
1945年“九三”抗日战争胜利后，1946年6月，今雅尔塞一带分隶龙东县和龙江县管辖。
1948年3月，撤销龙东县后，统由龙江县管辖。
所属区域，于1948年和1954年分两次由龙江县划归齐齐哈尔市管辖。
1956年5月，并村划乡，设置雅尔塞达斡尔族乡。
1958年12月，改称雅尔塞农场。
1966年改为雅尔塞人民公社。
1984年1月，改为雅尔塞乡。
同年11月，改设雅尔塞镇。