清代，属宁古塔副都统管辖。
清光绪八年（1882），设置穆棱河屯田局，驻钓鱼台“卡伦旧房”（今穆棱镇南）。
清光绪九年（1883），改设穆棱河招垦局，移驻上城子（今兴源镇）。
清光绪二十七年（1901），中东铁路通车设站，称“九站”。
此后垦民日渐增多，大批俄国人也乘机流入，设屯建宅定居，商业渐趋繁茂。
清宣统元年（1909）隶属穆棱县管辖。
1912年，属第一警察区。
1922年划为第五区。
1923年改设穆棱站镇。
1927年改称偏脸河镇。
1933年设穆棱站保。
1938年10月，伪穆棱县公署移驻于此，1939年1月改称穆棱街。
1946年4月，设置穆棱区。
1947年1月划归南穆棱县（后改穆棱县），为县政府驻地。
1947年10月穆棱县政府移驻八面通后，设置穆棱区，1949年2月改为第五区。
1956年3月，撤区划乡，分设穆棱镇和泉眼、河南2乡。
1958年9月，穆棱镇与泉眼、河南2乡合并成立穆棱人民公社。
1964年9月，将镇外泉眼等11个生产大队划出组建九站人民公社。
1965年6月撤销九站人民公社，并入穆棱人民公社。
1972年8月，将共和、牛心、太平、新河4个生产大队划归新组建的共和人民公社。
1980年9月，撤销穆棱人民公社，设置穆棱镇。
名称沿用至今。