曾名“小石头河子”、“石头河子”。
清末民初，隶属桦川县管辖。
1941年称小石头河子村。
1946年6月划归新设置的桦南县管辖，设置小石头河子乡（特别乡）。
1947年4月废止乡制，区下设村，划归驼腰子区管辖。
1950年7月改隶第六区。
1956年桦南县并入桦川县后，设石头河子乡。
1958年9月，改称石头河人民公社。
1964年复归桦南县管辖。
1984年3月，改设石头河镇。
1990年改称石头河子镇，名称沿用至今。