清嘉庆十九年(1814)设双城堡协领衙门，咸丰元年(1851)裁协领，设副都统衔总管,光绪八年(1882)设双城厅，宣统元年（1909）设双城府，民国2年（1918）为双城县,1932年日伪时期立伪双城县公署，归滨江省管，1945年11月27日光复成立双城县民主政府，隶属松江省哈南分区行政督察专员公署，1954年黑龙江省与松江省合并，双城为黑龙江省协辖。
1958年8月1日设松花江专署，双城县归其管辖，1988年，经国务院批准撤设市（县级），1996年11月归哈尔滨市管辖，设立双城市人民政府，2014年5月改为双城区。