清初开辟茂兴至瑷珲驿路后，为解决“茂兴”至“古鲁”两站之间相距过远之弊，清雍正五年(1727)于此增设乌兰诺尔站，称“新站”。
中华民国时期，郭尔罗斯后旗设新站乡，隶属第十二区管辖。
东北沦陷后，初设新站保，后改设新民村。
1945年“九三”抗日战争胜利后，设置新民区，1946年末改为新站区，1949年改为第七区。
1952年2月，设置新站镇。
1956年4月，将郭尔罗斯后旗改为肇源县，隶属肇源县管辖。
1958年9月，改称新站人民公社。
1984年3月，改为新站镇。