原名“老县城”，始称“骆驼脖子”。
清末，清光绪三十二年(1906)，添设肇州厅，选定“骆驼脖子"修建衙署，遂为治城。
中华民国成立后，1913年为肇州县城。
到1923年全城人口已达8900人，商铺作坊林立，市面繁荣。
东北沦陷后，1934年夏，松花江泛滥，县城被洪水冲毁，肇州县署迁往“老城基"(今肇州县城)。
洪水退后，城内住户所剩无几，只称“老县城"。
同年12月，明确划归郭尔罗斯后旗管辖。
1935年经伪旗公署与地方士绅商议，将“老县城"定名为“肇源”，同年8月郭尔罗斯后旗公署由四站老爷屯移驻肇源城，后改称肇源街。
1945年“九三”抗日战争胜利后，初设城区，1946年末设置肇源区，1949年改为第一区。
1956年4月，将郭尔罗斯后旗改为肇源县，设置肇源镇。
1958年9月，改称肇源镇人民公社。
1980年8月，改为肇源镇。