唐、宋间属清云乡腹地。
明、清中北部属赵市里，西南部属长江河里。
民国初属长兴区。
1940年属长黄乡。
1947年至1948年先后属卢大街区、张老埠区。
1949年属张老埠区，同年底改属陈淋区。
1951年西部几乡划属武庙集区。
1956年建祖师庙中心乡、王楼中心乡。
1958年设祖师、万岗管理片，属红苏（大）公社（驻武庙集）。
1959年改属陈淋（大）公社。
1961年改建祖师、万岗等（小）公社，属陈淋区。
1962年重建祖师公社。
1983年改设祖师庙乡。
2013年改置祖师庙镇。