明代分属兴文、岔曲、南王保。
清代西部属南王保和岔曲保，东北部属文兴保。
民国初年因之。
1921年属南区。
1929年属第三区。
1934年属第一区，分设皇帝庙、吴集、小商桥、洪山庙、石佛陈等联保处。
1941年分属商桥镇、陈庄乡。
1948年属商桥区。
1949年分属台陈区、瓦店区。
1956年设皇帝庙中心乡。
1958年成立皇帝庙公社。
1959年与王曲公社合并，属王曲公社。
1961年属台陈区。
1962年从台陈区划出，设立皇帝庙区。
1965年复皇帝庙公社。
1984年改设皇帝庙乡。