民国时期属六合乡、楼碧乡辖。
1949年10月属王店区辖。
1952年10月属第四区组寺乡辖。
1954年8月后祖寺并入柏桥，属雷公区柏桥乡辖。
1956年3月属雷公区六合乡辖。
1956年4月属第五指导小组六合乡辖。
1958年9月属英雄人民公社六合管理区辖。
1961年4月，组寺大队属雷公区六合人民公社辖。
1975年2月属雷公人民公社六合管理区辖。
1984年1月雷公区六合乡辖。
1987年3月后属双河镇辖。
2001年4月后并入雷公镇，祖寺村村民委员会属雷公镇管辖，沿用至今。