清为两河口会，民国时属廉让乡。
1949年7月设巡店区，深沟村系巡店区管辖；1952年10月巡店区调整为第二区，深沟村系第二区管辖；1956年3月为第三指导组，深沟村系第三指导组管辖；1958年巡店区命名幸福人民公社，深沟村改为深沟大队，系幸福人民公社管辖；同年底恢复原区名，深沟大队系巡店区管辖；1975年撤区并社为巡店人民公社，深沟大队属巡店人民公社管辖；1987年巡店撤区建镇，析原巡店区的辛榨乡、高店乡合并为辛榨乡。
深沟大队改名为深沟村，属辛榨乡管辖。