1949年10月为巡店区，1952年为第二区，1956年3月为第三指导小组，1958年9月为幸福人民公社，同年底为巡店人民公社，1961年4月为巡店区。
1975年2月为巡店人民公社，辖夹河、巡店、辛榨、高店管理区。
1979年2月桑树人民公社并入巡店人民公社。
1987年为巡店镇，分离辛榨、高店管理区，设立辛榨乡；分离桑树、洪山管理区，设立桑树乡。
2001年4月桑树乡并入巡店镇，下辖33个行政村、1个社区及2个村级林场。