民国时期属均和乡、烟九乡、碧东乡辖。
1949年10月为第五区烟店乡，1954年8月为青龙区烟店乡。
1958年9月为红旗人民公社烟店乡。
1958年12月为青龙人民公社烟店管理区。
1961年4月，为青龙区烟店人民公社。
1966年9月，青龙改为红旗，为红旗区青龙人民公社。
1975年2月，更名为程巷人民分社。
1981年8月，设立社辖镇烟墩店镇，1984年1月，复置烟店区，1987年10月，撤区建镇命名为烟店镇，沿用至今。