清康熙年间，胡、李、江、罗、杨、程、张、刘、贺、唐、曾、樊、甘、陈、黄、王、邹、郑、许、杜、谭、何等姓因自然灾害相继从湖北荆州石首、公安、湖南桑植、澧县等地迁居于此，落业筑居，繁衍生息。
清属湖北省施南府崇宁里八甲。
民国初袭里甲制，民国十六年（1927年）属恩施县第二区三岔口联保；民国二十年（1936年）属第二东乡区（新塘）三岔口乡；民国二十九年（1940年）裁区建乡，属三岔乡。
1950年属龙凤区三岔乡，1953年属三区（三岔）。
1958年属东风人民公社三元管理区，下辖五一、五星、雄伟、新华4个生产大队；（五一大队辖4个生产小队，五星大队辖5个生产小队，雄伟大队辖4个生产小队，新华大队辖6个生产小队）；还下辖九岭大队[（属东风人民公社莲花管理区）辖4个生产小队]；1961年属三岔公社三元管理区，下辖五一、五星、雄伟、新华4个生产大队；（五一大队辖4个生产小队，五星大队辖5个生产小队，雄伟大队辖4个生产小队，新华大队辖6个生产小队）；还下辖九岭大队[（属东风人民公社莲花管理区）辖4个生产小队]；1975年属三岔公社三元管理区，下辖下辖五一、五星、雄伟、新华4个生产大队；（五一大队辖4个生产小队，五星大队辖5个生产小队，雄伟大队辖4个生产小队，新华大队辖6个生产小队）；还下辖九岭大队[（属东风人民公社莲花管理区）辖4个生产小队]；1981年属三岔公社三元管理区，下辖五一、五星、雄伟、新华4个生产大队；（五一大队辖6个生产小队，五星大队辖5个生产小队，雄伟大队辖4个生产小队，新华大队辖6个生产小队）；还下辖九岭大队[（属东风人民公社莲花管理区）辖4个生产小队]；1984年属三岔区三元坝乡，下辖三元坝村（新华、五一合并）、设塘坪村（雄伟、五星合并）三元坝村下辖11个村民小组，设塘坪村下辖8个村民小组，九岭岗村属七里公社莲花管理区，下辖5个村民小组，1997年属三岔乡三元管理区、下辖设塘坪村、三元坝村（设塘坪村辖8个村民小组，三元坝村辖11个村民小组），还下辖九岭岗村，属七里乡茅坝管理区，下辖5个村民小组。
2002年由三元坝、设塘坪、九岭岗村合并为三元坝村，属恩施市三岔乡，下辖三元坝组、石院墙组、设塘坪组、大堡山组、九岭岗组。
2017年撤乡设镇，为三元坝村，属三岔镇，下辖三元坝组、石院墙组、设塘坪组、大堡山组、九岭岗组。