北宋元丰三年(1080)“藕池镇属石首一镇”，后属石首县西乡。
1939年，在此设区，下辖乡，保。
1942年，共产党领导的石(首)公(安)华(容)行政委员会在此设过藕池联乡政府，下辖5乡。
建国后，设藕池区，下辖5乡。
1950年成立藕池镇人民政府，下设街道委员会。
1958年，成立藕池人民公社。
1961年恢复为镇，三个分社改名为街道。
1965年从石首县划归公安县管辖，为县辖镇之一。
1975年成立藕池人民公社，下辖街道和农村管理区。
1978年又恢复为镇，下辖民主、人民两个街道办事处和烽火蔬菜队。
1987年1月镇区合一(南闸区)；1987年10月为藕池镇。