明嘉靖年间属惠化乡；清康熙年间属从义乡；民国时期属宋家乡；1949年5月属马坪区；1956年为三星社、红旗社，属马坪区魏店乡；1958年成立人民公社，三星社、红旗社合并为红旗大队，属长青公社魏店管理区；1959年为红旗大队，属马坪公社云台管理区；1961年4月设区建制，为红旗大队，属长岭区云台公社；1975年2月撤区并社，为红旗大队，属联兴公社；1977年联兴公社并入长岭公社，为红旗大队，属长岭公社；1980年更名为黑虎庙大队，属长岭公社云台管理区；1983年底设区建乡，为黑虎庙村，属长岭区云台乡；1987年9月撤区并乡，为黑虎庙村，属长岭镇；1998年黑虎庙村分开为黑虎庙村和红旗村，属长岭镇；2004年撤村并村，两村又合并为黑虎庙村，属长岭镇至今。