原聂店村：明朝嘉靖年间属惠化乡；清朝康熙年间属惠化乡；民国时期属肖店乡；1949年属大邦区；1955年属余店区兴隆乡兴隆2社；1958年成立人民公社，为兴隆3大队，属七一公社兴隆管理区；1959年为兴隆3大队，属余店公社兴隆管理区；1961年时设区建制，为兴隆3大队，属余店区肖店公社；1974年为聂店大队，属余店区肖店公社；1975年撤区并社，为聂店大队，属兴隆公社；1983年底设区建乡，为聂店村，属关庙区（西）肖店乡；1987年撤区并乡，为聂店村，属长岭镇；1990年为聂店村，属关庙镇。
原莲花村：明朝嘉靖年间属惠化乡；清朝康熙年间属惠化乡；民国时期属太莲乡；1949年属大邦区；1955年为兴隆4社，属余店区兴隆乡；1958年成立人民公社，为兴隆4大队，属七一公社兴隆管理区；1959年为兴隆4大队，属余店公社兴隆管理区；1961年设区建制，为兴隆4大队，属余店区肖店公社；1974年为莲花山大队，属余店区肖店公社；1975年撤区并社，为莲花山大队，属兴隆公社；1980年为莲花山大队，属关庙公社肖店管理区；1983年底设区建乡，为莲花村，属关庙区（西）肖店乡；1987年撤区并乡，为莲花村，属关庙镇。
2004年撤村并村，聂店村与莲花村合并为聂店村，属关庙镇至今。