原肖店村：明嘉靖年间属惠化乡；清康熙年间属惠化乡；民国时期属太莲乡；1949年属大邦区；1955年为关庙9社，属余店区兴隆乡；1958年成立人民公社，关庙9社分为肖店5大队和肖店8大队，为肖店8大队，属七一公社关庙管理区；1959年为肖店8大队，属余店公社关庙管理区；1961年恢复区（镇）建制，为肖店8大队，属余店区肖店公社；1975年撤区并社，为肖店大队，属兴隆公社；1983年设区建乡，为肖店街居委会，属关庙区（西）肖店乡；1987年撤区并乡，为肖店村，属长岭镇；1990年为肖店村，属关庙镇。
原烈士陵村：明嘉靖年间属惠化乡；清康熙年间属惠化乡；民国时期属廉泉乡；1949年属大邦区；1955年为关庙7社，属余店区关庙乡；1958年成立人民公社，更名为肖店大队，属七一公社关庙管理区；1959年为肖店大队，属余店公社关庙管理区；1961年恢复区（镇）建制，为肖店大队，属余店区肖店公社；1974年改为烈士陵大队，属余店区肖店公社；1975年撤区并社，为烈士陵大队，属兴隆公社；1983年设区建乡，为烈士陵村，属关庙区（西）肖店乡；1987年撤区并乡，为烈士陵村，属长岭镇；1990年肖店管理区划归关庙镇，为烈士陵村，属关庙镇。
2004年撤村并村，肖店村和烈士陵村合并为肖店村，属关庙镇至今。