殷商时代为归国所在地。
西周前期为楚子熊绎之始国。
西周后期至春秋前期为夔子国。
春秋中期属楚。
战国后期称归乡。
秦始皇统一中国后，设郡县，归乡为南郡所辖。
西汉元始二年置秭归县。
南北朝北周建德六年（577）置秭归郡，避郡县同名而改秭归为长宁县。
隋开皇三年（583）罢天下诸郡，改长宁为秭归。
唐武德二年（619）置归州。
天宝元年（742）改置巴东郡，治秭归。
乾元元年（758）复置归州。
宋时仍名归州。
元至元十四年（1277）升为归州路，十六年（1279）降为州。
明洪武九年（1376）废归州置秭归县，隶夷陵州。
十年（1377）再改秭归为长宁县。
十三年（1380）裁长宁县复置归州。
清雍正七年（1729）置归州为直隶州，隶属湖北省。
雍正十三年（1735）升夷陵州为宜昌府，归州直隶州降为县级州，属宜昌府，不再辖县。
民国元年（1912）改为秭归县，自此名称沿用至今。