明朝时期属龙池里、置下戎乡，清朝时期置茅坝乡、琚坪乡，民国时期置茅坝乡、居隐乡，巴归兴苏区曾在该乡境内建立马营区苏维埃政府；中华人民共和国建立后，1949年8月始设茅坝区人民政府。
1951年4月改为第二区（茅坝）。
1956年3月小乡合并时第二区公所（水田坝）；1958年9月人民公社化时撤区，在全县率先成立火箭人民公社。
1958年11月改称水田坝人民公社；1961年4月恢复、设置水田坝区公所；1975年10月撤区并社、设立水田坝、桑坪人民公社，水田坝人民公社辖上坝、兴合、三合、永吉管理区，桑坪人民公社辖三溪河、正存、马营管理区。
1984年2月撤社建乡、设置水田坝区公所。
1987年9月撤区并乡、设置水田坝乡，自此名称沿用至今。