明朝时期属龙池里，清朝时期属茅坝乡，民国时期属茅坝乡十二保（杜家湾）；中华人民共和国成立后，1950年5月设置石垭村，属茅坝区，1953年1月改称石垭乡，属第二区（水田坝）；1956年3月小乡合并后建立石垭、正兴、杜家农业生产合作社，属第二区（水田坝）正存乡；1958年11月人民公社化时设立石垭大队、正兴大队、杜家大队，属水田坝人民公社正存管理区；1961年4月设区建社时属水田坝区正存人民公社，1975年10月撤区并社后属桑坪人民公社正存管理区；1981年3月，正兴大队、杜家大队分别更名为郝家岭大队、杜家湾大队；1984年2月撤社建乡时，石垭大队、郝家岭大队、杜家湾大队分别改设为石垭村、郝家岭村、杜家湾村，属水田坝区正存乡，1987年9月乡镇合并后属水田坝乡；2001年2月，石垭村、郝家岭村、杜家湾村合并为石垭村，属水田坝乡至今。