明朝属香溪镇，清朝属香溪乡，民国时期属香溪乡六保（龙王嘴）、十一保（白沙头、渡船口）、十二保（叶家河）；1950年5月设置万古村，属香溪区，1953年1月改称万古乡，属第一区（香溪）。
1956年3月小乡合并后建立光荣、星星、前进农业生产合作社，属第一区（香溪）万古乡；1958年11月人民公社化时设立光荣大队、星星大队、前进大队，属香溪人民公社长春管理区；1961年4月设区建社时属香溪区长春人民公社，1975年10月撤区并社后属三闾人民公社长春管理区；1981年3月，光荣大队更名为万古寺大队，星星大队更名为贯垭大队，前进大队更名为黄阳畔大队，属三闾人民公社长春管理区；1984年2月撤社建乡时，万古寺大队、贯垭大队、黄阳畔大队分别改设为万古寺村、贯垭村、黄阳畔村，属三闾区官庄坪乡，1985年10月改属香溪区官庄坪乡，1987年9月乡镇合并后属香溪镇；1999年3月，万古寺村并入贯垭村；2001年11月，贯垭村、黄垭畔村合并为万古寺村，属归州镇至今。