燕窝镇域古属沔阳、汉阳、嘉鱼三县分辖。
明洪武元年（1368）田家口属嘉鱼县怀仁里，叶家边、荷花地、刘家边、王家边、程家边等村属沔阳县康太乡，其余地域属汉阳县新滩乡。
清康熙四年（1665）汉阳县地域属怀泽三里，包括彭家边、蔡家边、傅家边、蒿地铺、沙头、蒿洲，姚湖等村属嘉鱼县所辖，属又怀仁里。
光绪三十四年（1908）改属第一自治区（鱼岳区）。
1930年分属三县。
汉阳属地为姚泗乡。
1941年为姚荻乡。
1930年沔阳属地为平林乡。
1930年嘉鱼属地田家口属二区鱼岳镇。
1946年属鱼岳区。
1949年5月统属嘉鱼县第三区姚坪乡。
1950年属嘉鱼县姚坪区。
1951年属洪湖县三区。
1956年定名燕窝区。
1958年属燕窝公社。
1961年恢复燕窝区。
1975年改称燕窝公社。
1984年复为燕窝区。
1987年改为燕窝镇至今。