早在新石器时期，黄州区境内就有人类定居（今堵城镇螺狮山即新石器遗址）。
《禹贡》为荆州之域。
周为弦子国。
春秋时并入楚。
秦并天下置三十六郡，荆州为南郡地。
汉高帝二年（前204），项羽封吴芮为衡山王，都邾（邾在今禹王街道）。
仅分南郡为江夏郡，治西陵，西阳、邾县均属于江夏郡。
东汉末年，西阳县为郡，治西阳县。
邾县、西阳县皆属于西阳郡。
三国时，西阳、邾先属魏。
魏将西阳立为重镇。
魏文帝分汝南郡，立弋阳郡，治西阳，邾县、西陵县属于弋阳郡。
后属吴。
西晋惠帝分弋阳为西阳国，并进封西阳公羕为王。
南渡后羕因犯罪，废西阳国，降为西阳郡，邾县属焉。
东晋成帝咸康四年（339）于旧邾城（今禹王城）置豫州，治邾城。
不久被石虎攻陷，六百余年的邾城毁为荒坵。
自晋以后，境内地域归属参差变异频繁，或一郡一县割成四五，四五之中旋复分合。
南朝刘宋拆西阳，置建宁左郡。
元嘉二十五年（449），豫郡蛮民立十八县，改邾县为南安。
泰始五年（470）改属豫州，不久又划归郢州。
南朝萧齐永明三年（485）在南安置齐安郡，治南安，隶属郢州，不久改隶南司州。
西阳郡仍属郢州。
永元三年（501），北魏攻占南齐淮南地。
南朝梁普通八年（527），梁武帝收复郡县，南司州仍辖齐安郡，齐安郡仍领南安县。
太清三年（549），地入东魏。
到第二年为高齐天保元年（550），于西阳郡立巴州于齐安郡。
不久，改巴州曰衡州，辖齐安郡，南安县。
陈宣帝太建五年（573）攻占江北地，废衡州，立江北州，辖齐安郡，领南安县。
太建十一年（579），地入北周，收复衡州，辖齐安郡，领南安县。
隋开皇三年（583）废江北州郡，恢复地属荆州，撤销西阳县，其地并入南安县，改衡州曰黄州，治南安（旧址在今新洲境内）。
南安县太大，拆为梁安，置廉城县。
隋开皇十九年（599）改梁安曰木兰，改南安曰黄冈，撤销廉城县，其地并入南安县。
隋大业初年（605）改黄州曰永安郡（遗址在今禹王城）治黄冈。
唐武德三年（620）改永安郡复曰黄州，撤销木兰县，其地并入黄冈，又拆置堡城县。
黄州领黄冈县、堡城县。
唐武德八年（625）撤销天宝初年改黄州曰齐安郡，乾元初（758）仍恢复黄州，治黄冈县，隶淮安西道。
中和五年（885）迁州沿于旧邾城（即隋之永安城，今呼禹王城）。
五代梁唐时，属扬吴，晋汉时属南唐，后为周有。
宋朝初年，黄州从旧邾城迁治于江滨（明朝黄州府城东南二里许），隶淮西路。
元朝为黄州路，隶河南江北行省。
明初为黄州府，府城在宋元旧址向西北移两里许展筑。
明洪武九年（1376），朝廷诏令蕲州府降为州，撤销蕲春县入州。
隶属黄州府。
盖自南齐永明四年丙寅至明洪武九年丙辰，历八百九十年，而蕲春复合。
明嘉靖四十二年（1563），拆黄冈、麻城、黄陂三县地置黄安，而黄陂仍隶属。
此时黄州府隶湖广布政使司，领州一县八，治明制。
清沿明制，雍正七年（1729）黄陂改属汉阳府，黄州府领州一县七。
隶湖北布政使司汉黄德道。
黄州府城为府、县共治。
民国元年（1912）废黄州府。
翌年，黄冈县隶属湖北省汉黄德道。
黄州府城即为黄冈县政府治所。
民国十五年（1926）废除江汉道，黄冈县直隶湖北省改府。
民国二十一年（1932）十月，黄冈县属湖北省第四行政督察区专员公署驻黄安县城（今红安县城）。
民国二十五年（1936），黄冈县改属湖北省第二行政督察区，专员公署驻蕲州。
民国二十六年（1937）元月，第二行政督察区专员公署迁驻黄州。
民国二十九年（1940）年，改名为湖北省政府鄂东行署，驻地在三里畈。
不论是行政督察区专员公署，还是鄂东行署专员公署，其驻地虽是黄州，但此时黄州没有封建时期郡级行政地位了。
在行政区划上，黄州为镇级名称，民国时期的黄冈县辖有黄州、团风、阳逻、仓埠、新洲五大镇级单位。
1949年5月，黄冈县全境解放，黄冈县人民民主政府在团风成立。
黄州镇一度曾为黄冈专署直辖镇。
1955年以后，黄冈县人民政府从团风迁至黄州。
自此，尽管专署、县府同治黄州，但黄州在黄冈县的行政级别仍是区、乡级别的镇。
直到1991年1月，经国务院批准，撤销黄冈县，成立黄州市（所辖地域未变）。
黄州的行政区划级别上升到县级。
1996年5月，经国务院批准撤销黄冈地区行政公署，成立黄冈市，黄冈市分设为黄州区和团风县，黄州区隶属黄冈市，是市内唯一市直辖县级行政区。