六合垸地域，上古属古云梦泽，后因河水冲积形成小片陆地，于是人们便在此挽垸集居、耕作、逐渐形成多个自然村落。
清朝，分属江陵县东乡龙湾汛和东南乡郝穴汛。
民国初年，分属龙湾保卫总团张金河团防分局、沙市保卫总团三湖乡团防分局及郝穴保卫总团熊家河团防分局。
1930年1月至1932年9月，属中国共产党领导的江陵县苏维埃政府第四区（张金）和第六区（赤湖）。
民国21年（1932年）9月，属江陵县第三区（岑河）三湖乡联保及第四区（龙湾）张金河联保、第五区（郝穴）胡家场联保。
民国35年（1946年），废区制改设乡，属龙南乡。
新中国建立初，分属江陵县第八区（张金，后改为十二区）和第三区（岑河，后改为第八区）。
1954年，分属江陵县第七区（郝穴）赤湖乡、杨中乡、和潜江县张金区新建乡。
1958年，分属江陵县熊河人民公社和荆州专区水产养殖场南河养殖分场。
1960年7月，中共江陵县委将王市、邓港两个农场合并组建六合垸农场，下辖4个分场23个生产队、1个农科所及7个公司中。
1960年7月，江陵县将位于六合垸区域的王市农场、邓港农场合并为六合垸农场。
1961年3月，江陵县委改六合垸农场为熊河区六合公社，隶属熊河区。
1961年10月重建六合垸农场，属江陵县管辖。
1963年白湖农场并入六合垸农场，隶属湖北省农垦厅。
2002年六合垸农场交由属地管理，更名为荆州市六合垸管理区（保留农场行政建制），2004年9月，荆州市六合垸管理区更名为江陵县六合垸管理区（仍保留农场行政建制）至今。