明正德年间，隶属四川布政司虁州府建始县市廓里；清康熙二十年（1681），隶属建始县坊廓里；乾隆元年（1736），隶属湖北布政司施南府建始县坊廓里一甲；同治元年（1862），隶属建始县北乡坊廓里一甲。
民国七年（1918），隶属湖北荆南道建始县“恭”字区三宝乡；民国二十五年（1936），隶属湖北第七行政督察区建始县一区署长梁联保；民国三十年（1943），隶属建始县茅田区中正乡。
1950年，废除保甲制，属茅田区，同年5月，属长梁区三宝乡，名为马子峡村；1958年，人民公社化，属桂花公社三宝管理区，更名为前进大队；1961年，恢复区建制，属长梁区三宝公社；1975年，撤区并社，属长梁公社三宝管理区；1984年，撤区建区（乡），属长梁区三宝乡，更名为马子峡村；1996年，撤区建乡（镇），属长梁乡三宝管理区；2001年，撤并调整，属长梁乡三宝办事处；2011年，调整建制，更名为马子峡村村民委员会；2017年乡改镇，属长梁镇至今。