明清时属散毛土司管辖。
清乾隆元年（1736），来凤建县后属体乾乡贞肃里。
民国时期，先后属一区、贞肃乡、三胡乡。
1950年，改保甲制为村、组，成立三胡区。
1952年，区村行政区划调整，村易名为乡，三胡区辖22乡，梨园沟属梨园乡。
1958年成立人民公社，政社合一，改称梨园大队。
1961年，恢复区制，仍称梨园大队。
1975年，撤区并社时称梨园沟大队。
1984年6月更名为梨园沟村，成立梨园沟村民委员会，至2015年村名不变。