明朝属仁厚里；清代属三都；民国属上永安乡；1950年后，属老屋徐乡，称为高坑村；1954年调整行政区划，属畈泥乡；1958年人民公社化时，属畈泥管理区，改称为高坑生产大队；1962年设区建公社，属建设人民公社；1975年撤区并公社，属畈泥公社；1984年恢复区、乡镇制，属环城区畈泥乡，复称高坑村；1987年撤区设乡镇，属畈泥乡；1999年撤乡并镇时，合通羊、畈泥、湄港三个乡镇为通羊镇，高坑村隶属通羊镇管辖至今。