明、清时期隶属于安乐乡。
民国时期隶属于第一区。
1930年4月至12月红色政权期间隶属于复兴区。
抗战时期隶属于梅川区。
1943年复属于安乐乡。
1952年隶属于第九区。
1958年9月成立吕兴祖大队，隶属于红星公社。
同年12月隶属于梅川公社。
1961年隶属于梅川区。
1975年隶属于两路公社。
1984年全县开展调整区、乡、镇设置工作，调整为吕兴祖村，隶属于梅川区。
1987年隶属于两路乡。
2000年横岗乡、南泉乡、两路乡、梅川镇合并为梅川镇，隶属于梅川镇，沿用至今。