民国时期，今辖区范围分属孝感县民生乡、同生乡、湖港镇等。
1949年5月孝感解放，设肖家港区。
1951年改名为肖港区。
1952年改为孝感县第十二区；1953年又改称肖港区。
1958年改设为肖港人民公社。
1961年改名肖港区。
1967年更名为长征区，后复称肖港区。
1975年撤区并社时改称肖港人民公社。
1984年称肖港区，属县级孝感市。
1987年设肖港镇，属县级孝感市。
1993年县级孝感市撤销，设孝南区，属孝南区，2018年8月24日，肖港镇61个村、4个社区调整合并为35个村、4个社区，沿用至今。
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