乾隆年间，属善信乡院庄铺。
民国时期属宜昌县南院乡南苑保。
解放初南垭村属宜昌县第四区南宛乡，1958年成立分乡人民公社后为南垭大队，1961年属分乡区为金竹公社南垭大队。
1975年撤区并社，为金竹公社南垭大队、十字沟大队。
1985年恢复区、乡建制，为南垭村、十字沟村，属分乡区金竹乡管辖。
1988年撤区并乡，属分乡镇管辖。
2001年7月撤销宜昌县设立宜昌市夷陵区，更名为宜昌市夷陵区分乡镇南垭村、十字沟村。
2003年南垭村和十字沟村村组合并为南垭村沿用至今。