春秋战国时期为楚国封地。
公元140年属临沮（高安、远安）县管辖。
元朝属南乡。
明属丰泉里。
清朝时，麻羊河以南属清溪铺、木瓜铺村一带属木瓜铺，花林寺村一带属后砦铺。
1921年属南乡，1934年为第二区，辖11联保、31保、316甲，1941年划为清溪乡、龙华乡。
1948年8月6日，远安县解放，设太平乡、清溪乡，属远安县第一区管辖。
1950年6月，花林区域内设12个小乡，1955年1月，第一区政府由城关迁址花林寺，下辖仍为12个小乡，1956年3月，将石头店以下的柳林、三桥、清溪、峦峰等地划归当阳县。
1956年夏秋，分设花林乡、高楼乡，辖25个高级农业合作社。
1958年9月公社化时为幸福公社，辖花林、高楼、太平、龙凤四个大队（管理区级）。
1961年5月正式成立花林区公所，辖花林、花园、旧县、龙泉、高楼、太平、龙凤七个管理区、52个大队。
1975年3月，成立花林人民公社管理委员会，将凤山、汪家、花园、季家等大队划归城关镇管理，将安鹿、高岩、董家、鹿苑、红岩等大队划归旧县公社管理。
1981年更名为花林寺人民公社管理委员会。
1984年更名为花林寺区公所。
1987年撤区并乡设立花林寺镇。
2003年11月，镇治由花林寺迁址石头店。