明朝时属云梦菸菟乡；光绪年间为史河会、河西会，属石羊乡；1923年分属第一区（县城）、第五区（胡金店区）；1937年并区，分属第一区（区署县城）白鹤乡、第二区（义堂）德泽乡。
1944年8月，应城设西云区，下辖白鹤、饶河、民生三个乡，囊括清明河乡大部；清明河三合片则归京安应边区民主县碧珊乡（由小河、双河、中河三乡合并而成）管辖。
1945年抗日战争胜利后，调整为履仁乡（治所胡金店）；1949年8月，调整行政区划，属新六区（胡金店）白鹤乡、伍姓乡。
1950年元月撤销胡金店（新六区），划归城郊区，名为伍姓乡；1951年6月，划设小区小乡，清明河地区分设白鹤、饶河、四合、两河4个乡；1953年小乡合并，改为白鹤乡、四合乡；1954年10月，撤销城郊区（第六区），仍归胡金店区建制；1956年撤区并乡，清明河乡设两河乡，三合乡；1958年9月成立上游（金店）人民公社，金店南部、府河西部统称伍姓乡；1961年2月改大公社为区，清明河辖白鹤、杨林、三合公社（部分）27个生产大队；1970年所辖27个大队合并为东升、红心、东红、团结、胜利、沿河、五七、长征、红旗、七一等十个大队。
1975年2月撤区并社并成立清明河人民公社，三合片的红心、东升两个大队划归胡金店公社；设上（杨林）下（白鹤）片，共8个生产大队；1979年3月，清明河公社并于胡金店公社，设杨林、白合两个管理区；辖下刘、高河、大份、清明河、利民、顺湖、沿河、桂花、三港、方庙、张夏、官渡12个大队；1984年1月，政社分开，设区建乡，清明河复属胡金店社区，辖清明河乡，白合乡，三合乡的红心、卫星、高庙、大尹、长李5个大队；年初生产大队改为行政村；1987年9月撤区建乡并为乡镇一级，清明河乡下辖17个行政村至今（其中一村后村改社）。
2021年8月，调整为三港社区、虹光社区、长李村、下刘村、大份村、沿河村、桂花村、官渡村、双港村、红旗村、新港村、红星村12个村（社区）。