花果园社区隶属花果公社革委会管辖，1979年12月花果公社革委会更名为花果公社管委会，隶属花果公社管委会管辖，1980年9月花果街道办事处成立，划归花果街道办事处管辖，1984年5月花果街道办事处更名为头堰街道办事处，隶属头堰街道办事处管辖，1987年10月蔡家乡政府与头堰街道办事处合并，再次成立花果街道办事处，隶属花果街道办事处管辖。
1996年，由花果中大街居委会、花果园居委会和上河居委会合并成立花果园居委会。
于2001年变更为花果园社区居民委员会。