据《光绪湖北与地记》卷18载：清光绪二十年（1894）钟祥县设5镇，4汎，5乡，客店属于东北乡。
1936年10月，县设5区，50乡（镇），现客店辖区含为芹平乡，属第一区，长吉乡属第五区。
1941年实行新县制，废区。
全县设31乡（镇），芹平乡和长吉乡合并为长吉乡。
1946年长吉乡更名为临九乡。
1947年12月，钟祥城北地区解放，成立钟北县爱国民生政府。
现客店镇区域含两个地区；1948年4月，周集区辖表台，刘河，周集三个乡；客店坡辖公议，草店，客店，大河，岭台，民主六个乡。
1948年6月钟北县撤销并入洪山县。
1949年7月，钟祥，京山县成立人民政府，周集，客店坡划归钟祥，所辖九个乡名未变。
1951年1月，客店坡更名为钟祥市第十镇。
1956年二月，第十镇改名为农场工业指导组，1957年12月，指导组撤销，社客店镇；1958年9月人民公社化，客店镇改名为客店人民公社，下设三个乡改为三个管理组。
1961年恢复镇制，客店人民公社复名为客店区，下辖三个管理组改设为三个人民公社，1975年11月25日撤区并社，客店区改为客店人民公社，1984年撤销人民公社，设立客店区，1987年撤区建乡，客店区改名为客店乡，1992年3月更名为客店镇。