太子庙镇素有千年古镇之称，东汉阳嘉三年（134）始属于汉寿县至今。
解放初期建立第十区太清乡。
1956年撤区分别设置太子庙乡，岩嘴乡。
1958年9月与株木山乡合并成立汉太人民公社，治所在太子庙。
1961年10月析出西北部，设株木山公社。
1981年4月，更名为太子庙人民公社。
1984年3月社改乡。
1992年7月太子庙乡更名为太子庙镇。
同年在集镇西北部的天星村和黄福村5.1平方千米区域内，设置湖南汉寿经济开发区，后更名汉寿高新区。
2015年11月与原岩嘴乡合并为太子庙镇，治所设在太子庙。
同时将由高新区代管的黄福、天星两个社区划归株木山街道管辖。