新中国建立初期，现在的余百新村系明月新华总支。
1958年人民公社设立余家村大队、百家沟大队；1961年恢复区、镇建制后属赤山区百家沟公社余家村大队百家沟大队；1975年1月撤区并社分属明月片百家沟片（余属明月片、百属南嘴片）；1980年3月赤山人民公社改称为乡，余属明月乡，百属南嘴乡；大队改为村，生产队改为村民组，1995年10月撤区并乡，余、百两村分属南嘴镇名为余家村村民委员会、百家沟村民委员会。
2008年余家村百家沟合村，取名为余百新村，2016年8月余百新村、鲤羊村合并为一个村取名为百家沟村，至今。