明末清初，三仓属扬州府。
泰州安丰场，清乾隆三十三年（1768年），属扬州府东台县安丰场。
1912年12月，属东台县安丰市。
1928年，设立三仓镇，属东台县第二区。
1941年，民主政府改以地名社区，设立三仓区，属东台县。
1949年，三仓区辖1镇12乡。
1957年8月，撤区并乡，划建为三仓乡。
1958年9月，撤销三仓乡，成立三仓人民公社。
1983年3月，撤销三仓人民公社，设立三仓乡。
1983年7月，撤销三仓乡，以其原辖区域设立三仓镇，隶属东台县。
1987年12月，东台撤县设市，属东台市，2001年7月1日，撤销三仓镇、新农镇，将原三仓镇、新农镇所辖区域合并设立新的三仓镇。