鼓楼区历史源远流长，是南京城区开发较早地区之一，五六千年前就有多处原始村落存在。
周显王三十六年（前333），楚威王熊商在石头山置金陵邑，此为鼓楼区境第一个行政建置，也是南京城区建置之始。
秦始皇嬴政三十七年（前210），金陵邑改为秣陵县，增设江乘县，现区境北部属江乘县、南部属秣陵县。
西汉至唐代，区境隶属名称、地界划分多有变更。
五代杨吴天祐十四年（917）至清末，区境均为江宁、上元两县管辖。
明初，筑南京城墙，区境主体部分圈入内城，其余部分也在外廓之内。
1933年，设南京市第六区。
1939年1月，改为南京市第四区。
1942年1月，改为南京市自治实验区。
1945年，复称南京市第六区。
1950年6月，更名为南京市新五区（亦称第五区）。
1955年，更名为鼓楼区。
1958年并王陵区、环城区淮海东西路以北区域入鼓楼区。
1960年5月，改为鼓楼区人民公社。
1962年10月，复为鼓楼区。
1967年3月，更名延安区，1973年11月，复称鼓楼区。
2013年2月19日，鼓楼区、下关区合并设立新的鼓楼区。