鼓楼区位于长江下游南岸、南京城西北部，是南京市中心城区之一，也是江苏省委、省人大常委会、省政府、省政协机关所在地，拥有南京主城11公里黄金长江岸线。东以中央路、中山路、窑上村十字街为界，分别与玄武区、栖霞区为邻；南以汉中路、汉中门大街、集庆门大街西段（西至清河路，东至燕山路北段）为界，分别与秦淮区、建邺区接壤；西、北以长江为界与浦口区相望。区域面积54.18平方公里。
鼓楼区是山峦环绕，湖川相依，山、水、城、林浑然一体的中心城区，有龙蟠虎踞之雄，依山带水之胜。秦淮河、金川河穿境而流，清凉山、狮子山、幕府山雄踞其中，明城墙傍山环绕，11公里长江黄金岸线新姿绵延，鼓楼岗、五台山将秦淮河冲积平原和金川河冲积平原南北分开。
鼓楼区地处中纬度大陆东岸，因受地理环境影响，形成春温、夏热、秋暖、冬寒四季变化明显，及冬夏时日长、春秋时日短的气候特征。