海门区位于江苏省东南部，地处北纬31°46′-32°09′，东经121°04′-121°32′之间，南依长江，与上海市崇明岛隔江相望，东邻启东市，东北濒临黄海，西靠港口城市南通市区。区位优越，交通便捷，是中国黄金水道与黄金海岸“T”字型的结合点，是长三角北翼联通上海的第一桥头堡，素有“江海门户”之称。
2021年，南通市海门区总计:9个镇，3个街道办事处，68个居民委员会（含省直属农场5个居委会），230个村民委员会。面积1148.7平方公里，人口98.87万人，常住人口99.18万（人口普查数据）。
海门全境总面积1148.71平方公里，地表平均海拔4.96米（已废黄河为基准），地势呈西北略高、东南偏低，南北横截面呈弧形，两头低，中间高。