瓜埠已有两千多年的历史，历年为兵家必经之地，南北朝拓拨煮南侵，曾陈兵十万在瓜埠，前人484年齐郡太守刘怀慰，曾在瓜埠筑城。瓜埠自明清以来，交通发达，商贾云集，瓜埠古代又是滁河入江，长江入海口，因此瓜埠观潮为六合古代八大景之一，曾有瓜埠寒潮吞建邺之诗句，虽经千年沧桑瓜埠古镇仍然留下徐、田、骆、倪四家极具清代风格的古瓦房。
瓜埠太平寺井位于六合区瓜埠镇保江村，时代为东汉。东汉古井位于瓜埠镇瓜埠山山西，现太平禅寺左侧放生池旁。2009年4月发现，经南京博物馆考古发掘初步论证为，东汉古井。该井内径2.623米，井壁用麻布砖砌成，深约3米，考古发掘出：铁钉、铁剑、陶片及六朝瓷片。瓜埠太平寺井为南京市文物保护单位。
佛狸祠遗址位于六合区瓜埠山南侧，为北魏太武帝拓拨焘太平真君十一年（450）攻打南方时在瓜埠山建的行宫，由于拓拨焘乳名佛狸，后改为佛狸祠。辛弃疾“永遇乐”中有“佛狸祠下一片神鸦社鼓”词句。现佛狸祠及北魏时代的所建其他建筑已荡然无存。仅剩佛狸祠遗址1500平方米。
瓜埠渡口在宋以前就有，但详情不知，宋代就有“瓜埠古渡”的记载。明清皆有军队及民众频繁使用该码头，中华人民共和国成立以后，此处仍为民众的主要渡口。现由于瓜埠已造瓜埠桥，使用率下降。时有过境船只停泊在此。
金兀术于天会七年（1129）率兵十万南下追赵构，后又北归并在黄天荡被困48天才得以脱身。其十万人马南下北上均经过瓜埠。金兀术下令在瓜埠保江掘饮马沟，解决军队战马饮水问题。现饮马沟清晰可见。饮马沟长500米，宽20米，深约2米，面积10000平方米。