五代十国时名静海，取海疆宁静之意。
又因地处长江入海口，四方通达，后周显德五年（958）改名为通州，辖静海、海门两县，始筑州城。
宋天圣元年（1023），通州一度改称崇州，又名崇川。
明道二年（1033）复称通州。
政和七年（1117）后，通州一度改为静海郡。
元至元十五年（1278）通州升为通州路，至元二十一年恢复为州。
雍正二年（1724），升通州为直隶州，为有别于直隶顺天府通州，称南通州。
民国元年改为“南通县”，1949年解放后，把县城区及近郊合在一起，称为南通市。
1953年更名为江苏省南通专区；同年南通市为省辖市。
1954年南通市辖城东区、城西区、唐闸区、郊区和天生港镇。
1958年崇明县划归上海市。
同年9月，南通市改属南通专署领导。
1962年6月，南通市复为省辖市。
1970年，南通专区改称南通地区，地区行署驻南通市。
1979年，南通市设城中、港闸、郊区3个市辖区。
1983年，南通地、市合并，实行市管县体制，辖城区（由港闸、城中2区合并）、郊区2区，代管海安、如皋、如东、南通、海门、启东6县。
1989年11月、1991年2月，如皋县、启东县先后置县级市。
1991年，城区、郊区分别更名为崇川区、港闸区。
1993年，南通县置县级通州市。
1994年4月，海门县置县级市。
2001年，狼山镇划入崇川区。
2009年3月，通州市改置通州区。
2018年5月，海安县撤县设市。
2020年7月，港闸区并入崇川区，撤销海门市设立南通市海门区。