商、周时期，县境北属下邳国，南属取虑国。
秦时，南为取虑县，北为下邳县，隶属青州；汉时建睢陵县，与取虑县、下邳县并存（历东汉、三国、晋）；南北朝时，取虑县并入睢陵县；隋时，睢陵县制撤消，县境北入下邳，南入泗州；金兴定二年（1218年）始置睢宁县，属南京路泗州。
明朝，洪武十四年（1381），邳州南部14个社划入睢宁县。
1949年10月后，睢宁县属苏北行署淮阴专员公署管辖，1953年5月转归江苏省徐州专员公署，1983年3月实行市管县体制，睢宁县隶属徐州市。