民国时期先后隶属于淮扬道、淮阴县、江苏省、中共苏皖边区。
1948年12月，淮阴城解放，城区与淮安合并为两淮市，市府驻清江浦。
1951年1月，县城从淮阴县划出，单列为清江市。
1958年8月，清江市与淮阴县再次合并，成立淮阴市。
1964年10月，市县再次分置为淮阴县和清江市，均隶属于淮阴专员公署。
1983年3月，设立淮阴市，以里运河为界拆分清江市为清河、清浦2区。
2016年6月8日，国务院批复，同意撤销清河区、清浦区两区，设立清江浦区。