清代属顺德乡，民国初属大同乡，后属第六区。
1941年后属宿迁县抗日民主政府塘湖区，后属晓店区。
1949年为晓店区晓店乡。
1957年撤区并乡时，由晓店、光前、嶂山、仇圩、王沟等乡合置晓店乡。
1958年改置晓店人民公社。
1983年复置晓店乡。
2000年塘湖乡与晓店乡合并，更名为晓店镇。
2006年，原井头乡的王沟、新窑、陆庄、洋河滩四个村居并入晓店镇，原塘湖乡的马楼、克先、许庄、九里、安圩以及三巨等村居并入宿豫区井头乡，晓店镇整建制纳入湖滨新城托管。
2007年8月，克先、苗庄等两个村居纳入晓店镇管辖。
2009年4月，原属皂河镇的戴场村纳入晓店镇托管。
2010年4月，三巨村和马窑居委会位于合欢路以北的13个居民小组纳入晓店镇托管。
2021年撤销晓店镇，设立晓店街道。