皂河古镇于明末清初渐成集市，是一座具有近四百年历史的“文化古镇、水乡古镇”，清道光年间（1821-1850年），属顺德乡。
1912年，为皂河乡，先后属第七、一区。
1937年，先后属泗宿县皂河区、第五区。
1949年，划归宿迁县，为皂河区皂河镇。
1954年9月改为县直属镇。
1957年1月，撤区并乡时，由皂河镇、刘甸乡、王营乡组成皂河乡，属运河区。
1958年为皂河公社。
1983年为皂河乡。
1985年为皂河镇。
2000年5月，滨河镇、骆马湖乡并入皂河镇。
2021年3月，黄墩镇并入皂河镇。