北宋始设建制镇，明为吴县六镇之一。
1912年，今境分属吴县木渎市、善人桥乡。
1929年，分属吴县第二区、第三区。
1932年，分属吴县第二区、第二十区。
1934年，复分属吴县第二区、第三区。
1947年，属吴县吴西区。
1949年5月，属吴县木渎区。
1952年11月，木渎升为吴县直属镇。
1954年9月，划属苏州市郊区。
1958年8月，复归吴县。
1985年8月，金山乡并入木渎镇。
1995年7月，属吴县市。
2001年2月，属苏州市吴中区。
2007年4月，胥口镇善人桥社区居委会和藏东、藏中、藏北、藏西4个村划归木渎镇。