一、区位环境
早在清时，庙湾（今阜宁县）北沙龚姓迁此，村名小龚庄。清雍正年间，沿淮河边形成集市，称顺河集。后以集主龚姓改称龚家集，亦名龚集。1959年1月，由六套康庄人民公社、张集卫星人民公社析出，因人民公社机关设在响坎河边的龚集街，响坎河具有航运功能，当地人称为运河，故名运河上游人民公社。镇以驻地名。位于北纬34°4′40″~34°6′16″，东经119°43′36″~119°45′48″，地处县城东南部、中山河北岸，与黄圩镇、小尖镇、双港镇接壤。镇人民政府驻龚集居，邮政编码224621，距县人民政府驻地20千米。政区地势平坦，中南部略高，北部略低，地面高程一般5.50米左右。辖区东西最大距离10.22千米，南北最大距离16.16千米，总面积7150.21公顷，其中耕地4607.46公顷。境内主要河流中山河、响坎河、通榆河、大通干渠、六套干渠和四套河等，河流总长76.34千米。G204、沈海高速公路、S308路在政区交汇。
二、建置区划
民国二十九年（1940年）10月，分属涟水县第五区、阜宁县第十一区。民国三十一年（1942年）5月，分属滨海县第一区、第二区。民国三十二年（1943年）5月，属滨海县第二区。民国三十四年（1945年）3月，属滨海县六套区。1949年11月，滨海、阜东两县合并成立滨海县，分属张集区、六套区、老舍区。1958年10月，属滨海县六套康庄人民公社、张集卫星人民公社。1959年1月，属滨海县运河上游人民公社；同年3月，更名运河人民公社。1966年4月，属响水县。1983年，改置运河乡。2002年4月，撤销运河乡，设立运河镇。2010年10月，六套乡与运河镇合并，组建新运河镇。